Στην αρχαιότητα ονομαζόταν Υδρέα, μια ονομασία που παραπέμπει σε νησί με πολλά νερά. Μέχρι τις αρχές του 20ου αιώνα, υπάρχουν διάφορες αναφορές για τα πολλά πηγάδια που υπάρχουν στο νησί, αν και σήμερα, η ύδρευση του νησιού γίνεται με υδροφόρο πλοίο.
Ανασκαφές έχουν φέρει στο φως δείγματα κατοίκησης από τα πρωτοελλαδικά χρόνια. Τα κλασσικά χρόνια, η Ύδρα εποικίζεται από Σαμιώτες εξόριστους οι οποίοι όμως έφυγαν για την Κρήτη, όπου και ίδρυσαν την πόλη Κυδωνία. Κατά καιρούς εποικίζεται από Τροιζήνιους ή άλλους Πελοποννήσιους, όμως η Ύδρα παραμένει ένα από τα ελάχιστα ελληνικά παραδείγματα των οποίων η ιστορική ακμή δεν βρίσκεται στα αρχαία χρόνια αλλά στα χρόνια της Τουρκοκρατίας.
Στα μέσα του 15ου αιώνα μ.Χ., γίνεται εποίκηση του (κατάφυτου από πεύκα) νησιού από αρβανίτικες οικογένειες, στα πλαίσια της γενικότερης προσπάθειας του Βυζαντίου να πυκνώσει τον πληθυσμό της Πελοποννήσου. Οι Τούρκοι, όταν κατέλαβαν την Πελοπόννησο, δεν ασχολήθηκαν με το μικρό νησί κι έτσι οι κάτοικοι του ασχολήθηκαν ελεύθερα με την γεωργία, την αλιεία και ιδιαίτερα την ναυτιλία, στην οποία με τα χρόνια έγιναν πολύ καλοί, αριθμώντας τον 17ο αιώνα εμπορικό στόλο 120 πλοίων! Τότε ξεκινούν και την ναυπήγηση πλοίων, κάνουν συμφωνία με τους Τούρκους να τους δίνουν ετήσιο χαράτσι (+ μερικά παλικάρια για τις γαλέρες τους), προκειμένου να τους αφήσουν ήσυχους και σιγά σιγά το νησί πλουτίζει. Εκεί όμως που οι Υδραίοι συγκέντρωσαν αμύθητα πλούτη ήταν η εποχή των Ναπολεόντειων πολέμων, καθώς έσπαγαν τα εμπάργκο και θησαύριζαν κάνοντας εμπόριο με τις εμπόλεμες περιοχές.
Στις αρχές του 19ου αιώνα, ακριβώς πριν το ξέσπασμα της Ελληνικής Επανάστασης, η Ύδρα είχε 40000 κατοίκους (20 φορές περισσότερους από σήμερα), υψηλό βιοτικό επίπεδο και άφθονα χρήματα. Δηλαδή, δεν είχε κανένα απολύτως λόγο να επαναστατήσει κατά των Τούρκων και πράγματι, οι ηγετικές υδραίικες οικογένειες των Κουντουριώτη και Μιαούλη αρχικά αρνήθηκαν στους επαναστάτες έλληνες οποιαδήποτε ανάμειξη με την επανάσταση. Χάρη όμως σε ένα απλό καπετάνιο, τον Αντώνη Οικονόμου, ο οποίος ξεσήκωσε τα πλήθη στην Ύδρα και έφερε τους Κουντουριώτηδες και τους Μιαούληδες προ τετελεσμένου, η Ύδρα ανακήρυξε την επανάσταση στις 14 Απριλίου του 1821 (περίπου 20 μέρες μετά την διακήρυξη της επανάστασης από το έθνος).
Δυστυχώς η συμβολή των μεγαλύτερων οικογενειών της τότε Ύδρας (Κουντουριώτη – Μιαούλη) είχε δύο όψεις. Κατά την επανάσταση διέθεσαν τον στόλο τους, τα χρήματα τους αλλά και τον εαυτό τους, ένα γεγονός που αποδείχτηκε καθοριστικός παράγοντας στην απελευθέρωση του τόπου μας. Από την άλλη, οι άρχοντες της Ύδρας είχαν παράλογες οικονομικές απαιτήσεις σαν αποζημίωση για την συμμετοχή τους στη Επανάσταση που φυσικά η πρώτη κυβέρνηση του νέου έθνους δεν μπορούσε να εκπληρώσει. Τότε, οι Υδραίοι οδήγησαν την χώρα σε εμφύλιο πόλεμο. Είναι κρίμα πως σήμερα όλοι βλέπουμε τα σπίτια των επιφανών υδραίικων οικογενειών, αλλά κανένας δεν ξέρει που είναι το σπίτι του Αντώνη Οικονόμου (ο οποίος δολοφονήθηκε από τις επιφανείς αυτές οικογένειες, λίγο αργότερα – 16/12/1821 – στο Άργος, ούτως ώστε να πάρουν πάλι την διοίκηση του νησιού στα χέρια τους).
Εξαιτίας της μεγάλης ναυτικής παράδοσης του νησιού αλλά και των πολλών αναπαλαιωμένων αρχοντικών σπιτιών, το νησί έχει χαρακτηριστεί ως «διατηρητέο». Οι διαδικασίες δόμησης – αναστήλωσης – αναπαλαίωσης είναι εξαιρετικά αυστηρές, πράγμα που συμβάλλει σημαντικά στην έλευση πολλών χιλιάδων τουριστών, για να θαυμάσουν το αυθεντικό χρώμα της Ύδρας. Επίσης, απαγορεύεται η κυκλοφορία όλων των τροχοφόρων, με εξαίρεση μονάχα ορισμένα οχήματα του Δήμου.
