Η Σαντορίνη στα αρχαία χρόνια ονομαζόταν Στρογγύλη, λόγω του στρογγυλού σχήματος που είχε, πριν εκραγεί το ηφαίστειο. Οι Φοίνικες την αποκαλούσαν Καλλίστη (πιθανό να είχε όμορφα τοπία), ενώ τον 12ο αιώνα π.Χ. ονομάστηκε Θήρα, προς τιμήν του ήρωα Θήρα που έφτασε στο νησί με Σπαρτιάτες αποίκους. Αρκετά αργότερα, κατά τον 12ο αιώνα μ.Χ., πήρε το σημερινό της όνομα Σαντορίνη.
Η Σαντορίνη μυθολογικά συνδέεται με την χαμένη Ατλαντίδα, την πλούσια πολιτεία που καταποντίστηκε στην θάλασσα. Πράγματι, γύρω στο 1650 π.Χ., το ηφαίστειο στο κέντρο του νησιού Στρογγύλη εξερράγη με τρομακτική δύναμη. Υπολογίζεται ότι το κύμα που δημιουργήθηκε από την έκρηξη έφτασε σε ύψος 250 μέτρων και σε ταχύτητα 300 χλμ / ώρα. Η έκρηξη αυτή, μαζί με τους σεισμούς και τα παλιρροιακά κύματα που ακολούθησαν, θεωρείται ότι κατέστρεψε τον Μινωικό και τον Αιγυπτιακό πολιτισμό.
Η Σαντορίνη κατοικήθηκε από την εποχή του Χαλκού (4η – 3η χιλιετία π.Χ.) και γνώρισε μεγάλη ακμή περί το 1800 π.Χ., σύμφωνα με αφθονία ευρημάτων στην περιοχή Ακρωτήρι. Μετά την έκρηξη του ηφαιστείου και το μεγάλο σεισμό (17ος αιώνας π.Χ.), το νησί ερημώθηκε για περίπου 300 χρόνια.
Τον 14ο αιώνα π.Χ. ήρθαν άποικοι από της Μυκήνες και έμειναν έως το 1000 π.Χ. Μετά το νησί κατοικείται από Δωριείς που φτιάχνουν ατείχιστες πόλεις (τότε όλες οι πόλεις, εκτός της Σπάρτης, είχαν τείχος για να προστατεύονται από επιθέσεις). Τον 5ο αιώνα π.Χ. η Σαντορίνη υποτάχθηκε στην Περσική κυριαρχία, κατόπιν μπήκε στην Αθηναϊκή Ηγεμονία και στον Πελοποννησιακό πόλεμο (431-404 π.Χ.) ήταν σύμμαχος των Σπαρτιατών.
Στα Βυζαντινά χρόνια, η Σαντορίνη μπήκε στην στρατιωτική περιφέρεια (Θέμα) του Αιγαίου. Έπειτα τον 12ο αιώνα την κατέκτησαν οι Φράγκοι και ονόμασαν το νησί «Santa Irene» (Αγία Ειρήνη) και με τα χρόνια το όνομα μετατράπηκε στο όνομα Σαντορίνη. Μετά πέρασε στα χέρια των Βενετών (13ο και αρχές 14ο αιώνα), οι οποίοι έκτισαν κάστρα και εκκλησίες. Το 1579 οι Οθωμανοί κυρίευσαν το νησί.
Ύψωσε την ελληνική σημαία και απελευθερώθηκε από την Οθωμανική κατοχή το 1832.
Ακρωτήρι: Το κέντρο ενός πολύ σπουδαίου πολιτισμού που έφτασε στο απόγειο του στα χρόνια πριν την μεγάλη έκρηξη του ηφαιστείου. Το μουσείο του έχει πολλά ευρήματα από την εποχή εκείνη και θεωρείται από τα πιο σημαντικά της Ελλάδας.
Αρχαία Θήρα: Μια αρχαία πόλη, σήμερα είναι αρχαιολογικός τόπος, με οικισμούς από αρχαίους πολιτισμούς. Εξαιτίας της φυσικής οχυρής της θέσης, οι Σπαρτιάτες πρώτα και οι Πτολεμαίοι (Αιγύπτιοι) αργότερα, έχτισαν σημαντικούς οικισμούς, ευρήματα από τους οποίους θα δούμε σήμερα στο αρχαιολογικό μουσείο.
Οία: Το χωριό άνθισε στο τέλος του 19ου αιώνα. Ήταν η ναυτική πολιτεία του νησιού, με 130 πλοία. Να επισκεφτούμε το βενετικό κάστρο στο ΒΔ άκρο του νησιού και το Ναυτικό Μουσείο.
