Η Σίκινος στην αρχαιότητα είχε το όνομα Οινόη, λόγω των πολλών αμπελιών που είχε. Το σημερινό της όνομα το πήρε από τον Σίκινο, γιο του βασιλιά Θόαντα της Λήμνου. Ο Βασιλιάς Θόαντας είχε πάει στην Οινόη (Σίκινο), παντρεύτηκε και έκανε τον Σίκινο. Οι κάτοικοι του νησιού σεβόντουσαν και ήθελαν να τιμήσουν τον βασιλιά Θόαντα, για αυτό ονόμασαν το νησί τους με το όνομα του γιου του.
Οι πρώτοι κάτοικοι του νησιού ήταν οι Μυκηναίοι από το 1500 έως το 1200 π.Χ. Στην συνέχεια, το νησί αποικίστηκε από τους Δωριείς και μετά από τους Ίωνες (8ο έως 6ο αιώνα π.Χ.).
Στους Ελληνοπερσικούς πολέμους η Σίκινος ήταν με το μέρος των Ελλήνων και μετά το τέλος τους, τον 5ο αιώνα π.Χ., η Σίκινος μπήκε στην Δηλιακή συμμαχία (478 π.Χ.) και στην Αθηναϊκή Ηγεμονία (454 π.Χ.).
Κατά την Ρωμαιοκρατία και τα Βυζαντινά χρόνια, η Σίκινος λειτουργούσε ως τόπος εξορίας. Το 1207 μ.Χ. υποτάχθηκε στους Βενετούς και μπήκε στο Δουκάτο του Αιγαίου. Μετά από μερικά χρόνια, στα μέσα του 13ου αιώνα μ.Χ., το Βυζάντιο απελευθερώνει την Σίκινο από τα Βενετικά χέρια αλλά τον 14ο αιώνα, πέφτει στα χέρια των Ισπανών (Ντακορώνια) και παραμένει υπό την κυριαρχία τους για 1,5 αιώνες. Οι Οθωμανοί κατακτούν την Σίκινο τον 16ο αιώνα.
Τέλος, η Σίκινος ελευθερώθηκε και ύψωσε την ελληνική σημαία το 1829.
Σίκινος (Χώρα): Η πρωτεύουσα του νησιού η οποία χωρίζεται σε δύο συνοικίες, το Κάστρο και το Χωριό. Το Χωριό είναι ένας λαβύρινθος από δρομάκια, παλιά σπίτια και ανθισμένα παρτέρια. Το Κάστρο είναι χτισμένο στο χείλος του γκρεμού, 300 μέτρα πάνω από τη θάλασσα, και αποτελεί μέρος της οχύρωσης της πόλης. Εδώ θα βρούμε την πλατεία, τα μαγαζιά και τα καφενεία του νησιού. Να επισκεφτούμε οπωσδήποτε την Εκκλησία της Παντάνασσας, μια εκκλησία που χτίστηκε το 1787.
Επισκοπή: Ένα ρωμαϊκό μαυσωλείο που χτίστηκε περίπου τον 2ο αιώνα μ.Χ. Κατά την Βυζαντινή περίοδο μετασκευάστηκε σε χριστιανικό ναό. Είναι ένα από τα σημαντικότερα μνημεία των Κυκλάδων, με αρχαιολογική, ιστορική και αρχιτεκτονική αξία. Το γεγονός ότι στέκεται μόνο του, στη μέση του πουθενά, και τα χρόνια των σκληρών καιρών του Αιγαίου περνούν, δεν έχει καμία σχέση με την αξία του.
Αγία Μαρίνα: μια περιοχή με ερείπια αρχαίων οικισμών, όπως την αρχαία αγορά και ίχνη του ναού του Πυθίου Απόλλωνος.