1000 π.Χ. – 1000 μ.Χ.
Ο αποικισμός της Κρήτης άρχισε τον 9ο αιώνα π.Χ., ιδίως των δυτικών περιοχών της, από τους Δωριείς που κατέβηκαν από την ηπειρωτική Ελλάδα (Σπάρτη – Άργος). Το καθεστώς που εγκαθιδρύθηκε στο νησί ήταν σαφώς σπαρτιατικό (“Πολιτικά” του Αριστοτέλη). Δηλαδή, κάθε πόλη διοικούνταν από δέκα “κόσμους” (ήταν επίσης στρατηγοί στο στρατό), οι οποίοι ψηφίζονταν από αριστοκρατικές οικογένειες για θητεία ενός έτους. Οι πόλεις προστατεύονταν από τείχη και ακροπόλεις. Ο Στράβων περιέγραψε πώς η ελευθερία καθιερώθηκε νομικά και έγινε το σημαντικότερο αγαθό. Συνέχισε λέγοντας ότι η βάση της κρητικής νομοθεσίας ήταν ότι “η αρμονία ενισχύει και στηρίζει το κράτος, σε αντίθεση με τη διχόνοια. Σχεδόν όλες οι μάχες μεταξύ χωρών ή λαών γίνονται εξαιτίας της υπέρμετρης επιθυμίας για απόκτηση πλούτου ή εξαιτίας της ροπής προς την πολυτέλεια” (τέτοιες αλήθειες χιλιετίες πριν!). Η Κρήτη δεν πήρε μέρος στους Περσικούς πολέμους (5ος αιώνας π.Χ.) εξαιτίας συμβουλών που έδωσε το Μαντείο των Δελφών, οι οποίες ερμηνεύτηκαν ως αντίθετες με τη συμμετοχή της. Το νησί της Κρήτης δεν ήταν τότε ένα κράτος από τη μια άκρη ως την άλλη, αλλά είχε ανεξάρτητες και αυτόνομες πόλεις, οι οποίες σύναπταν συμμαχίες με άλλες πόλεις της ηπειρωτικής Ελλάδας και της Ιωνίας ή έκαναν συμμαχίες μεταξύ τους ή και πολεμούσαν μεταξύ τους. Μόνο σε περίπτωση εξωτερικού κινδύνου ενώνονταν και οργάνωναν κοινή κυβέρνηση με έδρα την ΚΝΩΣΣΟ.
Οι Ρωμαίοι προσπάθησαν δύο φορές να κατακτήσουν την Κρήτη και τα κατάφεραν στη δεύτερη προσπάθειά τους το 69 π.Χ., μετά από 3 χρόνια μάχης. Όπως καυχιόταν ο Ρωμαίος ιστορικός Ανναίος, υπέταξαν “την περίφημη γενέτειρα του Δία”. Η Κρήτη ευημερούσε καθ’ όλη τη διάρκεια της Pax Romana και το νησί προόδευε. Η ΓΟΤΡΥΣ έγινε η πρωτεύουσά της. Το νησί δέχτηκε τον Χριστιανισμό γύρω στο 66 π.Χ. με τις διδαχές του Αποστόλου Παύλου. Με τη διάλυση της Ρωμαϊκής Αυτοκρατορίας (μέσα του 4ου αιώνα μ.Χ.), η Κρήτη ευημερούσε όπως και στη Μινωική Εποχή και ανέκτησε τη σημασία της ως κλειδί για το Αιγαίο και σταθμός μεταξύ Ανατολής και Δύσης.
Το 824 οι Σαρακηνοί, φεύγοντας από την Ισπανία, επιτέθηκαν στο νησί και το κατέλαβαν. Αμέσως μετά επιδόθηκαν σε πρωτοφανείς θηριωδίες κατά του πληθυσμού, βίαιους εξισλαμισμούς και σφαγές. Αυτή η κυριαρχία στο νησί θα διαρκέσει 1,5 αιώνα. Οι τρομακτικοί Σαρακηνοί πειρατές έχτισαν το απόρθητο οχυρό του Χάντακα (Ηράκλειο) και έγιναν ο τρόμος ολόκληρης της Μεσογείου. Οι βυζαντινές δυνάμεις προσπάθησαν εννέα φορές να απελευθερώσουν το νησί, αλλά απέτυχαν σε κάθε προσπάθεια. Σαν να μην έφτανε αυτό, μετά από κάθε βυζαντινή αποτυχία οι Σαρακηνοί ξεσπούσαν στον πληθυσμό, με σφαγές, ως αντίποινα για τη βοήθεια που προσέφεραν στους Έλληνες. Κατά συνέπεια, ο πληθυσμός έφτασε σε επικίνδυνα χαμηλά επίπεδα. Τελικά, το 961, ο στρατηγός Νικηφόρος Φωκάς, ο οποίος αργότερα έγινε βυζαντινός αυτοκράτορας, εξολόθρευσε πλήρως τους Σαρακηνούς. Ο Άραβας ιστορικός Noivaris γράφει ότι οι νεκροί και σφαγμένοι Άραβες ανέρχονταν σε 200.000. Οι Σαρακηνοί πειρατές εξαφανίστηκαν σίγουρα από τη Μεσόγειο μετά τη νίκη. Μάλιστα, σε σχόλιό του για τη νίκη του Νικηφόρου Φωκά, ο Γάλλος ιστορικός-αρχαιολόγος Schlumberger (τέλη 19ου αιώνα) έγραψε: “Η υπηρεσία που προσέφερε το Βυζάντιο με τη νίκη του ήταν τεράστια για όλη την πολιτισμένη ανθρωπότητα”.
