Δεν είναι σίγουρο από που βγήκε το όνομα. Κάποιοι ιστορικοί πιστεύουν το όνομα του νησιού είναι σύνθετη λέξη (Κουφό + νησί). Πολλοί αρχαίοι ταξιδιώτες ονόμασαν έτσι τα νησιά, διότι είχαν πολλές σπηλιές. Άλλοι υποστηρίζουν πως το όνομα προέρχεται από την αναφώνηση των ντόπιων «Κουφό» που σημαίνει απίστευτο, πανέμορφο. Μια τρίτη εκδοχή, περισσότερο ναυτική, προέρχεται από την έννοια του «Κοφού Λιμήν», δηλαδή ασφαλές λιμάνι για αγκυροβολία. Τέλος, κατά καιρούς καταγράφηκαν σε ιστορικές πηγές και τα ονόματα «Φακούσα» για το Πάνω Κουφονήσι, πιθανότατα εξαιτίας του σχήματος που έχει το νησί, και «Πίννο» για το Κάτω Κουφονήσι, καθώς υπήρχαν πολλές πίνvες (όστρακο) στην θαλάσσια περιοχή.
Οι πρώτοι άποικοι του νησιού ήταν οι Κυκλαδίτες, το 3200 π.Χ. έως το 1000 π.Χ., σύμφωνα με ευρήματα στη θέση Αγριλιά και στον οικισμό των Λουτρών (θαλαμοειδείς τάφοι). Στο τελευταίο, ανακαλύφθηκαν κτίσματα που συνεχίζονται και στην θαλάσσια περιοχή. Εξαιτίας των αρχαιολογικών ευρημάτων της Κέρου, στην θέση Κάβος Δασκαλειό, που αποκαλύπτουν ένα κέντρο λατρευτικής τέλεσης μοναδικό στο είδος του και ίσως το πρώτο νησιωτικό λατρευτικό κέντρο στον κόσμο, πιστεύεται πως τα Κουφονήσια και η γύρω περιοχή είχαν σημαντική ανάπτυξη και πολιτισμό στα Πρωτοελλαδικά χρόνια.
Tα Κουφονήσια συμμετείχαν στους ελληνοπερσικούς πολέμους και ήταν με το μέρος των ελλήνων. Στα ρωμαϊκά χρόνια τα Κουφονήσια ήταν τόπος εξορίας. Στον οικισμό του Πάνω Κουφονησίου, έχουν βρεθεί ευρήματα που υποδεικνύουν σημαντική παρουσία των Ρωμαίων στο νησί. Θεωρείται πως ο σημερινός οικισμός χτίστηκε πάνω στον Ρωμαϊκό.
Στα Βυζαντινά χρόνια τα Κουφονήσια υπάχθηκαν στην στρατιωτική περιφέρεια (Θέμα) της Νάξου. Ύστερα τα Κουφονήσια κυριαρχούνται από τους Βενετούς τον 13ο αιώνα μ.Χ. και μετά τον 15ο αιώνα μ.Χ. πέφτουν στα χέρια των Οθωμανών. Σε όλα αυτά τα χρόνια, υπήρξαν ορμητήριο πειρατών.
Τα Κουφονήσια ελευθερώθηκαν και ύψωσαν την ελληνική σημαία το 1830. Στον 2ο Παγκόσμιο Πόλεμο, τα Κουφονήσια υποχρεώθηκαν να συντηρούν τους στρατούς των Ιταλών πρώτα και των Γερμανών κατόπιν, με συνέπεια το νησί να εξαθλιωθεί και να ξεκινήσει η μετανάστευση των κατοίκων προς τα μεγάλα αστικά κέντρα. Οι 1000 περίπου κάτοικοι των νησιών περιορίστηκαν σε μερικές δεκάδες.
Το 1960, οι τελευταίοι κάτοικοι της Κέρου και του Κάτω Κουφονησίου εγκατέλειψαν τα νησιά και εγκαταστάθηκαν όλοι στο Πάνω Κουφονήσι. Τα τελευταία χρόνια, με την τουριστική ανάπτυξη, ο πληθυσμός του νησιού έχει αρχίσει πάλι να αυξάνεται (400 μόνιμοι κάτοικοι το 2011).
Παραλίες: Ίσως το μεγαλύτερο αξιοθέατο των Κουφονησιών είναι οι παραλίες τους. Χάρη στα πολλά κοράλλια της γύρω περιοχής, η άμμος αναμειγνύεται με τα σπασμένα κελύφη και έχει ένα μοναδικό χρώμα
Μάτι του διαβόλου: Το Μάτι του διαβόλου βρίσκεται περίπου 900μ μακριά από την παραλία Πορί στο Άνω Κουφονήσι. Είναι ένα από τα πιο διάσημα τουριστικά αξιοθέατα των Κουφονησιών.
Σπηλιές Ξυλομπάτη: Παραθαλάσσιες σπηλιές ΒΑ του νησιού, Άνω Κουφονήσι.
Εκκλησία Παναγίας: Μια όμορφη εκκλησία, του 1562 μ.Χ. και η μοναδική στο Κάτω Κουφονήσι. Στη γιορτή της, γίνεται πανηγύρι.
