Σύμφωνα με την Ελληνική Μυθολογία πήρε το όνομά της από τον Ίθακο, γιό του Ποσειδώνα και της Αμφιάλης, πρώτο κάτοικο του νησιού. Σύμφωνα με άλλες απόψεις το όνομά της προήλθε από την λέξη «Ιθή» (εύθυμος) ή από την λέξη «Ιθύς» (απότομος).
Στην περίοδο του πρωτοελλαδικού πολιτισμού (3000 – 2000 π.Χ) κατατάσσονται τα πρώτα ίχνη και ευρήματα κατοίκων στο νησί. Δυστυχώς δεν υπάρχουν επαρκή στοιχεία για τη καταγωγή τους.
Κατά την Μυκηναϊκή περίοδο (1500 – 1000 π.Χ.), η Ιθάκη έφθασε στο μεγαλύτερο σημείο ακμής κι έγινε η πρωτεύουσα της Κεφαλληνίας. Τα οικιστικά λείψανα της μυκηναϊκής κεραμικής δηλώνουν ότι Μυκηναίοι είχαν εγκατασταθεί στην Ιθάκη κατά τον 14ο αι. π.Χ.. Το βασίλειο της Ιθάκης περιελάμβανε τα γύρω νησιά καθώς και τμήμα της Ηπειρωτικής Ελλάδας. Οι Ιθακήσιοι ήταν μεγάλοι ναυτικοί και εξερευνητές σε ολόκληρη την Μεσόγειο Θάλασσα.
Οι περισσότεροι ιστορικοί πιστεύουν ότι η σημερινή Ιθάκη ήταν το νησί του Οδυσσέα που περιγράφεται στην Ιλιάδα και την Οδύσσεια του Ομήρου. Ένα από τα στοιχεία υπέρ αυτής της άποψης είναι το ότι αναγνωρίσθηκε προϊστορική ακρόπολη με μερικώς σωζόμενα τμήματα κυκλώπειου τείχους, στη θέση Άγιος Αθανάσιος της βόρειας Ιθάκη. Τα ανάκτορα, εντός, είναι όμοια με εκείνα των Μυκηνών. Ένα δεύτερο στοιχείο που υποστηρίζει ότι η Ιθάκη είναι το νησί του Οδυσσέα είναι η τοπογραφική μελέτη του νησιού. Ένας βραχώδης ισθμός, πλάτους περίπου 800 μ., διαιρεί το νησί σε δύο οροσειρές, γνωστές από τον Όμηρο ως Νήιον και Νήριτον . Το 1000 π.Χ. άρχισε η παρακμή της Ιθάκης. Οι κάτοικοι της την παραμέλησαν γιατί δεν ήταν εύφορη στοιχείο που δικαιολογεί τα ομηρικά επίθετα «τραχεία», «ανώμαλη» και «βραχώδης».
Κατά την περίοδο της Ρωμαϊκής κυριαρχίας η Ιθάκη ήταν επαρχία της Ιλυρίας, ενώ στην Βυζαντινή περίοδο καθιερώθηκε η Χριστιανική θρησκεία. Το νησί δέχτηκε διαδοχικά επιδρομές από Βανδάλους, Γότθους, Βησιγότθους και Σαρακηνούς. Η Μεσαιωνική περίοδος κράτησε για 300 χρόνια αφού το νησί καταλήφθηκε από τους Νορμανδούς.
Η ενετική κατοχή ξεκίνησε μετά την αποχώρηση των Τόκκων (Φλωρεντιανοί πρίγκιπες) για να καταληφθεί στη συνέχεια από τους Τούρκους οι οποίοι σκότωσαν, λεηλάτησαν και τέλος αποχώρησαν με πολλούς αιχμαλώτους. Η Ιθάκη εκείνη την περίοδο ερήμωσε καθώς πολλοί από τους κατοίκους που διασώθηκαν, την εγκατέλειψαν. Τελικά η Ιθάκη, η Κεφαλονιά και η Ζάκυνθος περιήλθαν ξανά στους Ενετούς. Οι Ενετοί προσφέρουν γη και απαλλαγή απ’ τους φόρους για πέντε χρόνια στους κατοίκους για να παραμείνουν στο νησί μα και για να προσελκύσουν και κατοίκους απ’ τις κοντινότερες περιοχές. Η Ιθάκη κατά την περίοδο της Ενετοκρατίας μπορεί να θεωρηθεί ημιανεξάρτητο νησί. Επίσης, ήταν το μοναδικό νησί στο οποίο δεν υπήρχαν αριστοκράτες, ούτε ταξικές διαφορές.
Με την επικράτηση της Γαλλικής επανάστασης τα Επτάνησα περιέρχονται στους Γάλλους. Διαιρούνται διοικητικά και δημιουργείται ο νομός Ιθάκης που περιλαμβάνει την Κεφαλονιά, την Λευκάδα και περιοχές της Ηπειρωτικής Ελλάδας. Τους Γάλλους διαδέχονται ομαλά οι Ρώσοι και οι Τούρκοι και ιδρύεται το Ιόνιο κράτος με πρωτεύουσα την Κέρκυρα. Στις αρχές του δέκατου ένατου αιώνα η Ιθάκη και τα νησιά του Ιονίου επανέρχονται στην κατοχή των Γάλλων για δυο χρόνια για να την κατακτήσουν με πολιορκία μαζί με όλα τα νησιά του Ιονίου οι Άγγλοι.
Κατά την περίοδο της Ελληνικής επανάστασης ενάντια στους Τούρκους, πολλοί αγωνιστές, αλλά και άμαχος πληθυσμός από την Στερεά Ελλάδα, βρίσκουν καταφύγιο στην Ιθάκη. Αρκετοί Θιακοί συμμετέχουν στον στρατό και στον στόλο, ενώ είκοσι επτά Θιακοί αναφέρονται ανάμεσα στα ιδρυτικά στελέχη της Φιλικής Εταιρίας. Η Αγγλία μετά την απόφαση έδωσε δώρο στην Ελλάδα τα Επτάνησα επειδή η αδελφή του νέου Έλληνα βασιλιά, Αλεξάνδρα της Δανίας, είχε παντρευτεί τον πρίγκιπα Εδουάρδο της Ουαλίας, διάδοχο του Αγγλικού θρόνου. Η Μεγάλη Βρετανία, η Γαλλία, η Ελλάδα και η Ρωσία υπέγραψαν την «Συνθήκη του Λονδίνου» που κατοχύρωσε τα Επτάνησα ως Ελληνική επαρχία.
Βαθύ
Λέγεται και Ιθάκη κι είναι η πρωτεύουσα του νησιού. Βρίσκεται στο βάθος ενός κόλπου που σχηματίζει ένα φυσικό λιμάνι. Η ονομασία «Βαθύ» οφείλεται στο γεγονός ότι ο όρμος της περιβάλλεται από ψηλά βουνά και λόφους, ανάμεσα στα οποία και το ψηλότερο βουνό της Ιθάκης, ο Νήριτος. Το Βαθύ ταυτίζεται με τον αρχαίο λιμένα του Φόρκυνος, όπου σύμφωνα με τον Όμηρο, ο Θεός της Θάλασσας Φόρκης είχε το Ιερό του και όπου άφησαν οι Φαίακες κοιμισμένο τον Οδυσσέα.
Το Βαθύ κατοικήθηκε για πρώτη φορά τον 17ο αιώνα, καθώς πιο πριν οι επιθέσεις των πειρατών το καθιστούσαν αυτό αδύνατο. Το μεγαλύτερο μέρος της πόλης καταστράφηκε από τους σεισμούς του 1953 και ξανακτίστηκε, διατηρώντας όμως την παραδοσιακή επτανησιακή αρχιτεκτονική της. Την είσοδο αυτού του πανέμορφου φυσικού λιμανιού, φρουρούν ακόμα τμήματα μικρού οχυρώματος με δύο κανόνια, που χτίστηκε κατά την διάρκεια της δεύτερης Γαλλικής κατοχής, πάνω από την παραλία της Λούτσας.
Πλησιάζοντας στην προκυμαία βρίσκεται το Μνημείο του Ναυτικού. Η ιστορία της Ιθάκης ταυτίζεται με τη ναυτική της παράδοση, μέσα από τις Ναυτικές Σχολές της και το εμπόριο. Στην πλατεία της πόλης υπάρχει το δισυπόστατο άγαλμα του Οδυσσέα και η υποβλητική προτομή του Ομήρου. Στο Βαθύ βρίσκονται δύο μουσεία. Το πρώτο είναι το Αρχαιολογικό Μουσείο Βαθέως Ιθάκης. Φιλοξενεί σημαντικά ευρήματα από τις ανασκαφές που έγιναν κυρίως στην Νότια Ιθάκη, την περιοχή του Αετού, από τα Γεωμετρικά μέχρι και τα Ρωμαϊκά χρόνια. Το δεύτερο μουσείο είναι το Ναυτικό – Λαογραφικό Μουσείο Ιθάκης, με μια πλούσια συλλογή αντικειμένων, προσφορά των Ιθακησίων, με σκοπό την διατήρηση της πολιτιστικής τους κληρονομιάς. Στεγάζεται στον χώρο του παλιού εργοστασίου Παραγωγής Ηλεκτρικής Ενέργειας, που τροφοδοτούσε με ηλεκτρικό ρεύμα το Βαθύ και το Περαχώρι. Μετά από την αναδιάταξη του χώρου και των εκθεμάτων του κατατάσσεται μεταξύ των καλυτέρων Λαογραφικών Μουσείων της χώρας.
Σε μικρή απόσταση από το Βαθύ υπάρχει το ξακουστό Σπήλαιο των Νυμφών (ή Μαρμαροσπηλιά), σε υψόμετρο 190 μ. πάνω από τον όρμο Δεξά. Σύμφωνα με την θέση και το σχήμα του σπηλαίου, ταυτίζεται με το ομηρικό σπήλαιο όπου άφησαν οι Φαίακες κοιμισμένο τον Οδυσσέα και όπου ο Οδυσσέας άφησε αργότερα τα δώρα του βασιλιά των Φαιάκων Αλκίνοου. Τα ευρήματα των αρχαιολογικών ανασκαφών εκτίθενται στο Αρχαιολογικό Μουσείο Ιθάκης, στο Βαθύ.
Παραλίες της περιοχής οι οποίες προσφέρονται για κολύμπι σε καθαρά νερά, είναι η Λούτσα, τα Δεξά, το Σαρακήνικο, το Φιλιατρό, το Γιδάκι. Πολλοί τη θεωρούν, ως την πιο όμορφη παραλία της Ιθάκης. Η πρόσβαση γίνεται είτε από θαλάσσης από το Βαθύ ή με τα πόδια ακολουθώντας το μονοπάτι που ξεκινάει από τον Σκίνο. Και στις δύο περιπτώσεις χρειάζονται περίπου 25 λεπτά.
Νοτιότερα του οικισμού, ο όρμος Άντρι ταυτίζεται με την Πρώτη Ακτή, εκεί όπου αποβιβάστηκε ο Τηλέμαχος κατά την επιστροφή του από την Πύλο. Η Παναγιά Σπηλιώτισσα (ή αλλιώς Παναγία στις Σπηλιές) είναι ένα ξωκλήσι πάνω από το Άντρι, τον νοτιότερο κόλπο της Ιθάκης, χτισμένο μέσα σε μικρό σπήλαιο στην πλαγιά του βουνού. Εδώ οι παλιοί κάτοικοι της Ιθάκης, με απλότητα και λαϊκή ευσέβεια, έκλεισαν το άνοιγμα μιας μικρής σπηλιάς χτίζοντας την πρόσοψη της εκκλησίας.
Μονόλιθοι Ανωγής. Είναι εντυπωσιακοί σχηματισμοί κατακόρυφων γιγαντιαίων μονόλιθων, τοποθετημένων πάνω σε ριζιμιές άλλων βράχων, με έντονα τα χαρακτηριστικά προϊστορικών μεγαλιθικών μνημείων. Επιπλέον, ψηλά στο διάσελο του όρους Νήριτου ΒΔ της Ανωγής, έχουν καταμετρηθεί συνολικά δώδεκα μικρότεροι ογκόλιθοι με διάφορα σχήματα και μεγέθη.
Πρωτοελλαδικός Οικισμός Πηλικάτων. Η περιοχή «Πηλικάτα», βόρεια του Σταυρού, όπου βρίσκεται το αρχαιολογικό μουσείο Β. Ιθάκης, είναι κηρυγμένος αρχαιολογικός χώρος, λόγω της υπάρξεως λειψάνων οικισμού πρωτοελλαδικής και μυκηναϊκής περιόδου. Η συνολική περίμετρος του ως άνω χώρου καταλαμβάνει 750 τετραγωνικά μέτρα. Σύμφωνα πάντα με τις έρευνες της σχολής αυτής, φαίνεται ότι το κέντρο του βασιλείου του Οδυσσέα τότε ήταν στην περιοχή του Σταυρού. Τα ευρήματα των ανασκαφών εκτίθενται σε προθήκη της Αρχαιολογικής Συλλογής Σταυρού.
Αρχαιολογικός χώρος Αγίου Αθανασίου-Σχολής Ομήρου. Σύμφωνα με τους ανασκαφείς αρχαιολόγους, το κτηριακό συγκρότημα χρονολογείται στην προϊστορική περίοδο. Το κτηριακό συγκρότημα ήταν σε χρήση τουλάχιστον έως και την ελληνιστική εποχή, κάτι που μαρτυρούν διάφορα αρχιτεκτονικά μέρη του, όπως ο ελληνιστικός πύργος. Κατά την ρωμαϊκή περίοδο ο χώρος χρησιμοποιήθηκε ως νεκροταφείο.
Ο αρχαιολογικός χώρος καταστράφηκε από τους σεισμούς του 1953, δεν είναι επισκέψιμος μέχρι να πραγματοποιηθούν οι αναγκαίες εργασίες για την συντήρηση και προστασία των ανακαλυφθέντων μνημείων, έχει δώσει όμως μερικά από τα σπουδαιότερα αρχαιολογικά ευρήματα της Ιθάκης όπως το περίφημο «ΕΥΧΕΙΝ ΟΔΥΣΣΕΙ» του 2ου π.Χ. αιώνα και το οποίο φυλάσσεται στο μουσείο του Σταυρού.
Πισαετός
Ονομάζεται η ευρύτερη περιοχή που εκτείνεται νοτιοδυτικά από τον Αετό και ο κόλπος με την παραλία και το λιμάνι του Πίσω Αετού. Σήμερα γίνονται εργασίες ανάπλασης στο λιμάνι.
Σε απόσταση περίπου 4 χιλιόμετρα στην περιοχή του Αετού, εντοπίζεται η αρχαία πόλη της Ιθάκης, η οποία στα ελληνιστικά χρόνια ονομαζόταν Αλαλκομενές. Η επιγραφή αναφέρει ότι είναι η πόλη των Αλαλκομενών ωστόσο ο Σλήμαν είχε υποστηρίξει ότι πρόκειται για το παλάτι του Οδυσσέα. Είναι πιο πιθανό να πρόκειται για μια μετά Οδυσσειακή πόλη. Το μόνο σίγουρο είναι ότι πρόκειται για μια αρχαία Ακρόπολη με εξαιρετική θέα. Τα αρχαία νομίσματα που βρέθηκαν εδώ με τις κεφαλές του Οδυσσέα και της Αθηνάς εκτίθενται στο αρχαιολογικό μουσείου στο Βαθύ.
Μπροστά Αετός. Η παραλία του Μπροστά Αετού βρίσκεται ακριβώς κάτω από τον δρόμο που συνδέει το Βαθύ με τα χωριά της βορείου Ιθάκης. Μεγάλη σε μήκος και προστατευμένη στο βάθος του ομώνυμου κόλπου, προσφέρει ήρεμη θάλασσα με καταπράσινα νερά.
Πόλις
Βρίσκεται κάτω από το Σταυρό, το κεφαλοχώρι της βόρειας Ιθάκης. Είναι ένα υπήνεμο λιμανάκι, αγκυροβόλιο για τις ψαρόβαρκες της ευρύτερης περιοχής.
Το περίεργο όνομα της παραλίας προέκυψε από την αρχαία πολιτεία που κατά την παράδοση βρίσκεται βυθισμένη στα νερά του κόλπου. Σύμφωνα αυτή την παράδοση η πόλη «Ιερουσαλήμ» που βρισκόταν εδώ βυθίστηκε από έναν μεγάλο σεισμό τον όγδοο αιώνα.
Στην βόρεια πλευρά του λιμανιού, βρίσκεται η Ομηρική Σπηλιά του Λοΐζου (ο οποίος βρήκε σε αυτήν πολλά αρχαιολογικά ευρήματα και υπέδειξε τη θέση της στον Schliemann). Η σπηλιά καταστράφηκε με τα χρόνια και πλέον είναι ορατή μόνο η είσοδός της.
Φρίκες
Το χωριό άρχισε να κατοικείται από τον 16ο αιώνα, όταν κάτοικοι των γύρω ορεινών περιοχών χρησιμοποίησαν το φυσικό λιμάνι για τις ανάγκες της αλιείας και κυρίως για εμπορικές συναλλαγές με την Λευκάδα και την ηπειρωτική Ελλάδα. Σύμφωνα με τους ερευνητές, εκεί τοποθετείται το ομηρικό λιμάνι του Ρείθρου. Πρόκειται για το λιμάνι στο οποίο η Θεά Αθηνά πήρε τη μορφή του αγαπητού φίλου του Οδυσσέα, Μέντη, βασιλιά των Ταφίων νήσων. Άραξε το πλοίο της σε αυτό το λιμάνι και έφτασε στα ανάκτορα για να συμβουλέψει τον Τηλέμαχο. Οι Φρίκες επίσης, συνδέονται και με τη νεότερη ιστορία του νησιού, όπου κατά το τέλος του Β’ Παγκοσμίου Πολέμου, στις 13 Σεπτεμβρίου 1944, ντόπιοι αντάρτες, μετά από μια άνιση μάχη, κατέλαβαν το Γερμανικό πολεμικό πλοίο «Αντουανέτα» που ήταν αραγμένο στο μικρό λιμανάκι και αιχμαλώτισαν το πλήρωμά του.
Προσελκύει μεγάλο αριθμό ιστιοφόρων, ενώ θεωρείται ως ιδανική αφετηρία για αποδράσεις προς τις υπέροχες κοντινές παραλίες, αλλά και για αποδράσεις στα βόρεια παράλια του νησιού.
Στο κόλπο των Φρικών, λόγω του ισχυρού τοπικού βορειοδυτικού ανέμου, ο οποίος πνέει κατά την διάρκεια του καλοκαιριού, επικρατούν ιδανικές συνθήκες για ιστιοπλοΐα και windsurfing.
Κύριο αξιοθέατο του χωριού αποτελούν οι δύο καλά διατηρημένοι ανεμόμυλοι, που βρίσκονται στις δύο πλευρές του λιμανιού.
Κιόνι
Είναι ένα χωριό χτισμένο αμφιθεατρικά. Ξεκινά από ψηλά, από την Ράχη και φτάνει στο κλειστό, γραφικό λιμανάκι. Κατοικήθηκε τον 16ο αιώνα από τους κατοίκους των γύρω ορεινών περιοχών.
Μπαίνοντας ο επισκέπτης στον όμορφο ορμίσκο του Κιονιού αντικρίζει τον διατηρητέο παραδοσιακό οικισμό. Τα καπετανόσπιτα του μαρτυρούν την εντυπωσιακή αρχιτεκτονική επιρροή τόσο των Ενετών όσο και των Άγγλων. Στην είσοδο του λιμανιού υπάρχουν τρεις ανεμόμυλοι που φωτίζονται το βράδυ. Στο Κιόνι αξίζει κανείς να παρακολουθήσει την ανατολή του ηλίου.
Στα αριστερά του, βρίσκεται ο μικρός ορμίσκος του Μαυρουνά, ένα μικρό καταφύγιο για μικρές ψαρόβαρκες. Στην περιοχή αυτή, λειτουργούσε τον προπερασμένο αιώνα το μοναστήρι του Αϊ-Νικόλα, ενώ σήμερα υπάρχει μόνο η μικρή του εκκλησία, στο ιερό της οποίας σώζεται αρχαίο κιονόκρανο. Σ’ αυτήν περίπου την περιοχή λέγεται ότι, στα μέσα του 17ου αιώνα, μετά από μια σκληρή μάχη, οι ντόπιοι κάτοικοι κατατρόπωσαν τους πειρατές.
Στις 20 Ιουλίου, γίνεται το πανηγύρι του Άη Λιά, όπου μικρές ψαρόβαρκες μεταφέρουν τους κατοίκους στο μικρό ξωκλήσι, το οποίο βρίσκεται λίγο έξω από το λιμάνι, ενώ το βράδυ στην παραλία γίνεται πανηγύρι στην παραλία.