Σύμφωνα με την μυθολογία, το όνομα Δήλος προέκυψε επειδή το νησί αρχικά ήταν ένα κομμάτι γης που έπλεε υποβρυχίως, δηλαδή κάτω από το νερό (το οποίο οι αρχαίοι Έλληνες το ονόμαζαν άδηλων = αφανές). Αργότερα ο Ποσειδώνας, κατά παραγγελία του Δία, το κομμάτι αυτό το έφερε στην επιφάνεια της θάλασσας, προκειμένου η θεά Λητώ να γεννήσει τα παιδιά του Δία Απόλλωνα και Άρτεμη. Έτσι, το νησί από άδηλον έγινε δήλων (= φανερό) και για αυτό ονομάστηκε Δήλος.
Οι αρχαίοι Έλληνες θεωρούσαν ιερό το νησί, και τόπο λατρείας του θεού Απόλλωνα και της θεάς Αρτέμιδος. Γι’ αυτό εδώ μπορούσαν να έρθουν ελεύθερα άνθρωποι από όλο τον κόσμο, ακόμα και εμπόλεμοι. Τα υπόλοιπα νησιά των Κυκλάδων ονομάστηκαν έτσι επειδή σχημάτιζαν, γεωγραφικά, κύκλο γύρω από το ιερό νησί.
Το νησί της Δήλου γνώρισε τους πρώτους κατοίκους της κατά το 3000 π.Χ. (ίσως να ήταν κάτοικοι του Κυκλαδικού πολιτισμού). Δεν είναι γνωστό πότε άρχισε το νησί να είναι κέντρο λατρείας, ίσως γύρω στο 2000 π.Χ. Οι Ίωνες, όταν εγκαταστάθηκαν στην Δήλο περί το 1000 π.Χ., έκαναν την Δήλο εμπορικό σταθμό και καθιέρωσαν τα «Δήλια», γιορτές που περιλάμβαναν αθλητικούς και μουσικούς αγώνες.
Αργότερα τον 6ο αιώνα κατά τον Ελληνοπερσικό πόλεμο οι Πέρσες δεν επιτέθηκαν πότε στην Δήλο, για να δείξουν τον ιδιαίτερο σεβασμό που είχαν για το ιερό νησί. Κατά την Αθηναϊκή Ηγεμονία (6ος – 4ος π.Χ.), η Δήλος είχε πτώση στην οικονομία και στην στρατιωτική δύναμη και κατόπιν, τον 3ο αιώνα π.Χ., αρχίζει να κατοικείται από διάφορους πολιτισμούς και κάθε πολιτισμός άφηνε είτε κάτι ιερό είτε κάτι πολύτιμο. Έτσι, η Δήλος έγινε ένα μεγάλο και πλούσιο μουσείο, για ένα μεγάλο χρονικό διάστημα.
Από τον 2ο αιώνα έως τον 6ο αιώνα μ.Χ. το νησί δεν κατοικείται από κανέναν. Τον 14ο αιώνα μ.Χ. εγκαθίσταται στο νησί ένα τμήμα των Ιωαννιτών Ιπποτών της Μάλτας, οι οποίοι χάνουν την Δήλο 2 αιώνες αργότερα, και πέφτει στα χέρια των Τούρκων. Ούτε οι Τούρκοι είχαν το νησί για μεγάλο χρονικό διάστημα, από τον 17ο αιώνα η Δήλος καταλαμβάνεται από πειρατές οι οποίοι την χρησιμοποιούν ως στρατιωτική βάση. Η Δήλος ελευθερώθηκε κατά την διάρκεια της ελληνικής επανάστασης του 1821.
Στην Δήλο υπάρχει ένα αξιοθαύμαστο μουσείο, υπαίθριο και στεγασμένο, με ερείπια και κειμήλια από διάφορους πολιτισμούς. Το μουσείο αυτό θα ήταν απείρως πλουσιότερο, αν οι αρχαιοκάπηλοι δεν έγδυναν τους αρχαιολογικούς χώρους συστηματικά για πάνω από 3 αιώνες. Τα κλεμμένα σήμερα βρίσκονται σε μουσεία όλου του κόσμου και ιδιωτικές συλλογές.