Το νησί ήταν γνωστό στην αρχαιότητα ως «Κοράσιοι νήσοι», και αργότερα ως Κορσέοι, πιθανότατα επειδή είχαν δοθεί ως προίκα στις κόρες του βασιλιά Σάμου, του πρώτου βασιλιά της νήσου Σάμου (στα αρχαία ελληνικά οι κόρες λέγονταν κορασίδες).
Το σημερινό τους όνομα προέκυψε από τους Βενετούς, οι οποίοι αναφέρονταν στο σύμπλεγμα των νησιών αυτών ως «Fornelli», δηλαδή μικρός φούρνος, περιγράφοντας έτσι το κοίλο, σαν φούρνου σχήμα του όρμου όπου βρίσκεται ο κεντρικός λιμένας των νησιών.
Τα νησιά των Φούρνων, εξαιτίας της δύσκολης και άγριας γεωγραφίας των, πέρασαν μεγάλες περιόδους της ιστορίας τους ακατοίκητα. Βάσει των ευρημάτων σε διάφορα μέρη των νησιών, αποδεικνύεται ότι κατοικούνταν τουλάχιστον από την Ελληνιστική Περίοδο (4ος – 1ος αιώνας π.Χ.).
Στα Βυζαντινά χρόνια τα νησιά λεηλατούνταν συστηματικά από πειρατές, με αποτέλεσμα πολλοί από τους κατοίκους των να τα εγκαταλείψουν για τα γειτονικά νησιά της Σάμου, Ικαρίας και Πάτμου. Ιδιαίτερα μετά τον 11ο μ.Χ. αιώνα, οι Φούρνοι ήταν ακατοίκητοι και μονάχα πειρατές χρησιμοποιούσαν τα νησιά (από αυτή την περίοδο προέκυψαν και οι τοπικές ιστορίες για αμύθητους θησαυρούς που βρίσκονται ακόμα θαμμένοι σε κάποια από τα νησιά).
Οι Φούρνοι απελευθερώθηκαν και προσαρτίστηκαν στο Ελληνικό κράτος τον Αύγουστο του 1912. Από τότε ο πληθυσμός τους αυξήθηκε αλλά και πάλι, κατά την διάρκεια του 2ου Παγκόσμιου Πολέμου, πολλοί κάτοικοι τους έφυγαν για την Αίγυπτο και την Κύπρο.
Σήμερα οι Φούρνοι έχουν περί τους 1400 μόνιμους κατοίκους, οι οποίοι ζουν από την αλιεία και τον τουρισμό.
