Το όνομα της Φολέγανδρου δημιουργήθηκε από μια φοινικική λέξη που η σημασία της είναι «Πετρώδης Γη». Σύμφωνα όμως με άλλες πηγές, οι Κρήτες έδωσαν το όνομα του αρχηγού τους, του Φολέγανδρου γιου του Μίνωα, όταν εποίκισαν το νησί. Ο αρχαίος γεωγράφος Στράβων την ονόμασε «Σιδηρείην» (= σιδερένιο νησί), επειδή έχει τραχύ έδαφος.
Το νησί κατοικείται από το 3.000 π.Χ. Την Μινωική εποχή αποίκησαν Κρήτες και αργότερα Δωριείς από την Θήρα. Το 425 π.Χ. αναφέρεται ότι άνηκε στην Αθηναϊκή συμμαχία. Στη συνέχεια το νησί περνάει στην κυριαρχία των Μακεδόνων (3ος αιώνας π.Χ.), των Πτολεμαίων (1ος αιώνας π.Χ.) και τέλος των Ρωμαίων, οι οποίοι το χρησιμοποιούν ως τόπο εξορίας.
Η ακρόπολη του νησιού βρισκόταν στη θέση Παλαιόκαστρο, στα ΒΑ της Χώρας και πάνω σε ύψωμα, όπου υπάρχουν ακόμα θραύσματα αγγείων και χαλάσματα κτισμάτων. Εδώ είναι και η ωραιότερη εκκλησία του νησιού, η Παναγία (Κοίμηση της Θεοτόκου), που αποτελεί μέρος των αρχαίων τειχών (στη θέση της είχε χτιστεί στην αρχαιότητα ο ναός της Αρτέμιδος και του Απόλλωνα. Αρχιτεκτονικά του μέλη βρίσκονται σήμερα στο προαύλιο της εκκλησίας). Λίγο πιο κάτω, κοντά στο νεκροταφείο, σώζεται ένα τμήμα τείχους από τον 4ο αιώνα π.Χ.
Με την έναρξη της Φραγκοκρατίας, τον 12ο αιώνα, το νησί και οι υπόλοιπες Κυκλάδες περνάνε στα χέρια των Ενετών. Γύρω στο 13ο με 16ο αιώνα υπάγεται στο δουκάτο της Νάξου. Όπως και όλες οι Κυκλάδες, κατά των 15ο με 16ο αιώνα, υποφέρουν από της ατελείωτες επιδρομές των πειρατών. Η τελευταία και μεγαλύτερη συμφορά που δέχτηκε το νησί ήταν το 1715, όταν ο Τούρκος ναύαρχος Τζανούμ Χότζας «θανατώνει, σκλαβώνει, λεηλατεί και αφήνει μόνο θρήνους» σύμφωνα με τοπικό ιστόρημα.
Μετά την απελευθέρωση της Ελλάδας, το νησί ενσωματώθηκε στο Ελληνικό κράτος, και αρκετοί Φολεγανδρίτες αποδημούν προς Αίγυπτο, Κωνσταντινούπολη και Αθήνα. Πολλοί από αυτούς διακρίνονται στις τέχνες και τα γράμματα, αποκτούν περιουσία και στέλνουν χρήματα και αγαθά στις οικογένειές τους.
Η Φολέγανδρος έχει μια άγρια ομορφιά, με βραχώδη, απότομα τοπία και εκπληκτική θέα στο Αιγαίο. Η Χώρα, είναι η πρωτεύουσα του νησιού και αποτελείται από δύο τμήματα. Το ένα από αυτά είναι η περιοχή του Κάστρου που έχτισε ο Μάρκος Σανούδος. Είναι πανομοιότυπο με άλλα κάστρα των Κυκλάδων, με τους τοίχους των ενωμένων σπιτιών να σχηματίζουν γύρω γύρω τα τείχη (σώζονται 2 είσοδοι). Μάλιστα, σε μια πλευρά, τα σπίτια είναι χτισμένα στην άκρη του γκρεμού – αν βγούμε στο παράθυρο τους θα νομίζουμε ότι πετάμε!
Ο Καραβοστάσης είναι το λιμάνι της Φολέγανδρου και επίνειο της Χώρας. Επίσης, είναι πιθανότατα το πιο επικίνδυνο λιμάνι στο Αιγαίο. Είναι μικρό, στενό, με ελάχιστο χώρο να δέσεις. Ολόγυρα, ο όρμος έχει λόφους με απότομες πλαγιές στις οποίες οι άνεμοι κάνουν τσουλήθρα, φουντώνουν και πάνω που έχουν πιάσει την μέγιστη επιτάχυνση τους, σκάνε πάνω στο καημένο το πλεούμενο μας. Μια φορά, ήμουν μάρτυρας στην προσπάθεια του καπετάνιου ενός τοπικού f/b, να προσπαθεί να δέσει στο λιμάνι για 45 λεπτά!!!