Το όνομα του νησιού Σχοινούσα βγήκε από την λέξη σχίνο, ένα φυτό το οποίο φύτρωνε σε μεγάλη ποσότητα στο νησί.
Η πρωτοκατοίκηση του νησιού έγινε την 4η χιλιετία π.Χ. από τους Κυκλαδίτες, και άνηκε στο μικρό νησιωτικό σύμπλεγμα των «Μικρών Κυκλάδων», μαζί με τα Κουφονήσια, την Κέρο και την Ηρακλειά και έδρα την Κέρο.
Στα χρόνια μ.Χ., το νησί εγκαταλείπεται συνεχώς επειδή δεχόταν πολλές πειρατικές επιθέσεις. Κατοικείται για λίγο κατά τα Βυζαντινά χρόνια, μάλιστα πολλά ευρήματα δείχνουν πως έκαναν εμπορικές δραστηριότητες. Αλλά μετά ερημώθηκε το νησί μέχρι τον 19ο αιώνα μ.Χ. όπου και αποικήθηκε από κάτοικους της Αμοργού.
Η Σχοινούσα, εκτός από τις αμμουδιές της, έχει και ένα πολύ καλό πεζοπορικό δίκτυο που σε βοηθάει να την γυρίσεις όλη.
Σπηλιά του πειρατή: Μια σπηλιά που βρίσκεται στην ΒΔ πλευρά του νησιού
