Το όνομα «Παξοί» βγαίνει από την αρχαία Φοινικική λέξη «Πακς», που σημαίνει «τραπέζιο». Το όνομα προέκυψε πιθανότατα λόγω του επίπεδου σχήματος του νησιού, το οποίο δεν έχει ψηλούς λόφους και συνεπώς θυμίζει το γεωμετρικό σχήμα του τραπέζιου.
Σε όλους τους αρχαίους χάρτες και τα βιβλία, η ονομασία «Παξοί» συμπεριλάμβανε και τα δύο νησιά, Παξοί και Αντίπαξοι.
Σύμφωνα με την ελληνική μυθολογία, οι Παξοί ήταν κομμάτι της Κέρκυρας. Όμως, ο θεός Ποσειδώνας χώρισε τα δύο νησιά με την τρίαινά του, επειδή ήθελε την Νηρηίδα Αμφιτρίτη να μείνει μακριά από όλους σε ένα όμορφο τοπίο.
Οι πρώτοι κάτοικοι του νησιού ήταν οι Φοίνικες, χωρίς να είναι γνωστό σήμερα από πότε ξεκίνησε ο εποικισμός τους. Υπολογίζεται στα μέσα 3ης και 2ης χιλιετίας, καθώς τότε άκμασε ο Φοινικικός πολιτισμός στην ανατολική Μεσόγειο.
Οι Παξοί αναφέρονται σε πολλά ιστορικά βιβλία, εξαιτίας δύο διάσημων ναυμαχιών που πήραν μέρος στη θάλασσα που τα περιβάλλει. Η πρώτη ναυμαχία ήταν λίγο πριν τον Πελοποννησιακό Πόλεμο, το 432 π.Χ., με αντίπαλους τους Κερκυραίους και τους Κορινθίους (η μάχη αυτή ήταν η αφορμή που ξεκίνησε τον Πελοποννησιακό Πόλεμο – βλέπε και αναφορά στην ιστορία της Κέρκυρας).
Η δεύτερη ναυμαχία πήρε μέρος το 229 π.Χ. με αντίπαλους τους Κερκυραίους εναντίον των Ιλλυριών της Βασίλισσας Τεύτας. Οι Ιλλυριοί ήταν διάσημοι πειρατές, με ιστορικό και εθιμικό υπόβαθρο, με αποτέλεσμα να έχουν ανώτερες ναυτικές τακτικές απέναντι στους Κερκυραίους. Έτσι, οι Ιλλυριοί νίκησαν, βύθισαν την ναυαρχίδα των Κερκυραίων, έτρεψαν σε φυγή τους συμμάχους τους και αποβιβάστηκαν στο νησί.
Μετά, οι Παξοί πέρασαν στα χέρια των Ρωμαίων όπως και τα υπόλοιπα νησιά του Ιονίου. Στα Βυζαντινά χρόνια ανήκαν στην στρατιωτική περιφέρεια της Κεφαλονιάς (Θέμα). Εκείνη την εποχή, πολλοί κατακτητές συναγωνίζονταν για την κυριαρχία του νησιού το οποίο, σε γενικές γραμμές, ακολούθησε την τύχη της Κέρκυρας.
Το 1386 μ.Χ. οι Παξοί, όπως και τα υπόλοιπα Επτάνησα, πέφτουν στα χέρια των Βενετών οι οποίοι έφτιαξαν 2 κάστρα στο νησί, το ένα πάνω στο νησί του Αγίου Νικολάου και το άλλο στην Λάκκα, για να αμύνονται εχθρικές επιθέσεις. Τα δύο κάστρα, απέκρουαν με επιτυχία πολλές επιθέσεις, μέχρι το 1537, που ήρθε ο ναύαρχος των Οθωμανών, ο Μπαρμπαρόσα.
Με την Τουρκοκρατία, οι κάτοικοι ζούσαν πολύ άθλια την ζωή τους, διότι οι Τούρκοι έκαναν ότι έκαναν και στα υπόλοιπα νησιά που καταλάμβαναν. Έσφαζαν τους άντρες, πουλούσαν τα γυναικόπαιδα στα σκλαβοπάζαρα και έκαναν το παιδομάζωμα (μια Οθωμανική τακτική, κατά την οποία έκλεβαν χριστιανικά παιδιά και τα μετέτρεπαν σε μουσουλμάνους στρατιώτες υποταγμένους στον Σουλτάνο).
Μετά την λεηλασία από τους Οθωμανούς, το νησί είχε πολύ λίγους κατοίκους. Το 1571, οι Οθωμανοί με τον ναύαρχο Λουτσαλή Πασά, λεηλάτησαν ξανά το νησί και όποιοι κάτοικοι είχαν απομείνει από την λεηλασία του 1537, τους έσφαξαν όλους και οι Παξοί έμειναν ακατοίκητοι μέχρι το 1759, όταν Κερκυραίοι με αρχηγό τον Ιωάννη Βούλγαρη εποίκησαν πάλι το νησί. Αργότερα, το 1797, το νησί περνάει στα χέρια των Γάλλων.
Το 1800-1807 το νησί βρέθηκε υπό την προστασία των Ρώσων και είχε 7 χρόνια δημοκρατία (σημειώνεται πως είναι ένα από τα μόνα νησιά της Ελλάδος που είχαν δημοκρατία, πριν την Ελληνική Επανάσταση).
Αργότερα, οι Γάλλοι καταλαμβάνουν ξανά το νησί έως το 1814. Το 1814 έκαναν μια μάχη οι Γάλλοι με του Άγγλους, την οποία κέρδισαν οι Άγγλοι, όμως λίγο πριν την Ελληνική Επανάσταση (1819) η Αγγλία παραδίδει τους Παξούς στον Αλί Πασά.
Οι Παξοί ενώθηκαν με την Ελλάδα μαζί με τα υπόλοιπα Ιόνια νησιά το 1864.
Γάιος: Είναιη πρωτεύουσα του νησιού και ένα φυσικό λιμάνι, καθώς το νησί Άγιος Νικόλαος βρίσκεται πολύ κοντά στους Παξούς, δημιουργώντας ένα κανάλι πλάτους 40 – 120μ. Στο νησί του Αγίου Νικολάου υπάρχουν τα ερείπια ενός από τα δύο κάστρα που έφτιαξαν οι Ενετοί για την άμυνα του νησιού. Είναι μια πανέμορφη πόλη, χτισμένη αμφιθεατρικά γύρω από το θαλάσσιο κανάλι.
Σπήλαιο Υπαπαντή: Παραθαλάσσιο σπήλαιο στην δυτική ακτή του νησιού, προσπελάσιμο μόνο από θαλάσσης. Λέγεται ότι το ηρωικό ελληνικό υποβρύχιο Παπανικολής, κρυβόταν εδώ στα χρόνια του 2ου Παγκόσμιου Πολέμου.