Σύμφωνα με την μυθολογία, η Μύκονος δεν υπήρχε αλλά διαμορφώθηκε από τον τεράστιο βράχο που έριξε ο Ποσειδώνας για να θάψει τους γίγαντες, αφού τους είχε σκοτώσει ο Ηρακλής. Από εκεί πηγάζει και το όνομα της, που σημαίνει «πετρώδης τόπος». Άλλοι πάλι πιστεύουν πως το όνομα του νησιού οφείλεται στον ήρωα Μύκονο, γιο του βασιλιά Ανίου της Δήλου και απόγονο του θεού Απόλλωνα.
Τα πρώταερείπια κατοίκων της Μύκονου χρονολογούνται μεταξύ 5000 με 4000 π.Χ. και ανήκαν στους Κάρες και τους Φοίνικες. Πολύ αργότερα, έρχονται οι Ίωνες στο νησί περί τον 11ο αιώνα π.Χ., και χτίζουν δύο οικισμούς, ο πρώτος βρισκόταν στη θέση της σημερινής Χώρας, ενώ ο δεύτερος κοντά στο σημερινό Παλαιόκαστρο. Από εκεί προέκυψε και το όνομα του νησιού «Δίπολεις» (δηλαδή δύο πόλεις).
Στα κλασσικά χρόνια, η Μύκονος βρισκόταν στην σκιά της ιερής Δήλου, με αποτέλεσμα να βρίσκεται συνεχώς στο παρασκήνιο και οι κάτοικοι της, πάμπτωχοι και άσημοι, πολλές φορές διακωμωδήθηκαν σε έργα αρχαίων συγγραφέων, με αποτέλεσμα η λέξη Μυκονιάτης να γίνει συνώνυμη του φιλάργυρος, πλεονέκτης.
Κατά την διάρκεια του Ελληνοπερσικού πολέμου, η Μύκονος κατακτήθηκε από τον Πέρση Βασιλιά Δαρείο το 490 π.Χ. και χρησιμοποιήθηκε ως βάση των Περσών για τις επιχειρήσεις τους στο κεντρικό Αιγαίο. Μετά την ήττα των Περσών από τους Αθηναίους στην ναυμαχία της Σαλαμίνας (480 π.Χ.) η Μύκονος μπήκε στην Δηλιακή συμμαχία και αργότερα στην Αθηναϊκή Ηγεμονία (477-449 π.Χ.).
Περίπου τον 2ο αιώνα π.Χ. η Μύκονος έπεσε στα χέρια των Ρωμαίων και αργότερα στους Βυζαντινούς. Τον 7ο αιώνα μ.Χ. τα Βυζαντινό κράτος έκτισε διάφορα τείχη για να αμύνονται από τις Αραβικές επιδρομές. Στα τέλη του 12ο αιώνα μ.Χ., μετά την 4η σταυροφορία, ανήκε στους Βενετούς μέχρις ότου ο Οθωμανός ναύαρχος Μπαρμπαρόσα, το 1537, καταλαμβάνει το νησί.
Η Μύκονος ελευθερώθηκε το 1822 κατά την διάρκεια της ελληνικής επανάστασης, με την βοήθεια μιας μεγάλης ηρωίδας, της Μαντώ Μαυρογένους. Η Μαντώ (Μαγδαληνή) γεννήθηκε στην Τεργέστη το 1796, από πλούσιους έλληνες γονείς με καταγωγή από τη Μύκονο. Λίγο πριν την αρχή του Απελευθερωτικού Αγώνα, μετακόμισε στη Μύκονο και άρχισε την ενεργή δράση, αρχικά ενάντια σε πειρατές και κατόπιν ενάντια των Τούρκων. Με την περιουσία της, εξόπλισε πλοία και πολεμιστές βοηθώντας παντού, σε κάθε μάχη.
Οι γονείς της τελικά την αποκλήρωσαν, η Μαντώ ξόδεψε όλη την περιουσία της στον Αγώνα και στο τέλος, όχι μόνο δεν αποζημιώθηκε αλλά ούτε σύνταξη δεν πήρε. Ο Ιωάννης Κωλέτης, ένα βδέλυγμα ανθρώπου που όταν οι σύντροφοι του σκοτώνονταν στον Αγώνα, αυτός έφτιαξε ολόκληρη περιουσία και έγινε και πρωθυπουργός της Ελλάδας για ένα μικρό διάστημα, φοβήθηκε όταν η Μαντώ αρραβωνιάστηκε τον Αλέξανδρο Υψηλάντη ότι δύο ισχυρές οικογένειες θα ενώσουν τις δυνάμεις τους, κατάφερε να χαλάσει το γάμο και έδιωξε σε εξορία την Μαντώ Μαυρογένους η οποία πέθανε πάμπτωχη και δυστυχισμένη στην Πάρο το 1840.
Στη Μύκονο υπάρχει ένα μεγάλο και πολύ ενδιαφέρον αρχαιολογικό μουσείο με αγγεία, ειδώλια και πολλά άλλα από αρχαϊκές εποχές. Επίσης έχει και λαογραφικό μουσείο.
Αυτό όμως που έχει η Μύκονος και δεν έχουν άλλα νησιά, είναι η νυχτερινή ζωή! Δεν υπάρχει dj που να σέβεται τον εαυτό του και να μην έχει περάσει από την Μύκονο. Κάθε καλοκαίρι, γίνονται από τα καλύτερα και πιο ζωντανά πάρτυ στην Ευρώπη. Αν είσαι 18 – 25 χρονών, σωματικά ή πνευματικά, η απογείωση σου βρίσκεται στο μαγικό, παρτάρικο νησί της Μυκόνου.
Η Μύκονος επίσης διαθέτει φοβερές και τρομερές αμμώδεις παραλίες, ένα πολύ ωραίο και φυσικό αντίδοτο στο χθεσινοβραδινό hangover!