Στην αρχαιότητα η Ηρακλειά ονομαζόταν και Αράκλεια και κατά τα Μεσαιωνικά χρόνια Ηρακλείτσα.
Η ιστορία του νησιού ξεκινά από την 4η χιλιετία, με πρώτους κάτοικους του νησιού τους Κυκλαδίτες. Η Ηρακλειά έμεινε στα χέρια των Κυκλαδίτων έως το 1000 π.Χ..
Στα πρώτα βυζαντινά χρόνια, τον 4ο αιώνα μ.Χ. χτίστηκε κάστρο πίσω από την παραλία Λιβάδι, τα ερείπια του οποίου υπάρχουν μέχρι σήμερα. Από τις πολλές πειρατικές επιθέσεις όμως, το νησί ερημώθηκε και δεν ξανακατοικήθηκε μέχρι το 1826 μ.Χ., που οι κάτοικοι του νησιού ήταν μοναχοί (το νησί ανήκε στην μονή της Παναγίας Χοζοβιώτισσας, της Αμοργού). Το 19ο αιώνα το νησί εποίκησαν Αμοργιανοί από την Αιγιάλη.
Σπήλαιο Αγίου Ιωάννη: Ένα σπήλαιο γεμάτο ασβεστόλιθους, το οποίο είναι επισκέψιμο, με ξεναγό. Δεν πηγαίνει ασφαλτόδρομος εκεί, μόνο ένας χωματόδρομος, ο οποίος αργότερα γίνεται ένα δύσβατο και μικρό μονοπάτι.
