Κτίστηκε το 395 μ.Χ. αμέσως μετά την πρώτη εγκατάλειψη της Νικόπολης. Από την ίδρυσή της έως την Άλωση της Κωνσταντινούπολης (1453) η Βόνιτσα δεχόταν πειρατικές επιθέσεις.
Το 1070 μ.Χ. οι Βενετοί κτίζουν ένα κάστρο στην Βόνιτσα και παίρνουν τον έλεγχο των λιμανιών της (ήταν ένα από τα προνόμια που τους δόθηκαν από τον αυτοκράτορα του Βυζαντίου).
Μερικά χρόνια μετά την Άλωση της Κωνσταντινούπολης, το 1472, η Βόνιτσα πέφτει σε Οθωμανικά χέρια και κατόπιν άλλαζε συνεχώς τους «ιδιοκτήτες» της, από Τούρκους σε Βενετούς και από Βενετούς σε Τούρκους.
Τον 16ο αιώνα οι Βενετοί με την βοήθεια των Ελλήνων έδιωξαν τους Οθωμανούς από την Βόνιτσα και την κράτησαν έως το 1797, με την βοήθεια Γαλλικών δυνάμεων που προσφέραν προστασία στους κάτοικους της Βόνιτσας από τους Οθωμανούς. Όμως, το 1800 οι Γάλλοι έχασαν τον έλεγχο της Βόνιτσας, και κυρίαρχος της πόλης γίνονται οι Οθωμανοί πάλι.
Το 1821 η Βόνιτσα ήταν από τις πρώτες πόλεις που έκανε επανάσταση και απελευθερώθηκε το 1828.
Κάστρο της Βόνιτσας: Ένα πολύ ωραίο κάστρο, κτισμένο από Βενετούς. Βρίσκεται σε πολύ καλή τοποθεσία, με εκπληκτική θέα στον Αμβρακικό κόλπο.
