1000 – 1800 μ.Χ.
Με την πτώση της Κωνσταντινούπολης από τους Φράγκους (αρχές του 13ου αιώνα), η Κρήτη δόθηκε στον Βονιφάκιο (έναν από τους αρχηγούς της Τέταρτης Σταυροφορίας), ο οποίος την πούλησε αμέσως στους Βενετούς για 10.000 ασημένια μάρκα. Οι Κρητικοί έκαναν 27 επαναστάσεις κατά τη διάρκεια των περίπου 4,5 αιώνων της κυριαρχίας τους. Στην πραγματικότητα, ο Γάλλος ιστορικός Daru έγραψε στο βιβλίο του “Histoire de Venice” ότι η Ευρώπη είδε το πρωτοφανές και παράδοξο θέαμα μιας μεγάλης ναυτικής δύναμης να πολεμά με μια από τις αποικίες της. Όταν οι Βενετοί νίκησαν τους Κρητικούς, οι τελευταίοι κατέφυγαν για ασφάλεια στα βουνά και όταν συνέβη το αντίθετο οι Βενετοί κατέφυγαν στα πλοία τους.
Το 1538 ο Τούρκος ναύαρχος Μπαρμπαρόσα κατέστρεψε τις παραλίες του νησιού. Οι Τούρκοι βρίσκονταν τότε προ των πυλών της Κρήτης. Οι Κρητικοί έπρεπε να ξεχάσουν την καταπίεση των Ενετών και ενωμένοι μαζί τους να αντιμετωπίσουν τον κοινό εχθρό. Ο πόλεμος μεταξύ Τούρκων και Ενετών-Κρητών διήρκεσε είκοσι πέντε χρόνια. Τελικά το 1669 οι Τούρκοι έγιναν κύριοι του νησιού. Η πρώτη ενέργεια των Τούρκων ήταν να φέρουν πολλούς Τούρκους εποίκους για να αλλοιώσουν τη σύνθεση του πληθυσμού. Έτσι, το 1700, μετά τους εξισλαμισμούς, τις σφαγές, τους εποίκους και την εγκατάλειψη του νησιού από τους νησιώτες για να σωθούν, ο πληθυσμός της Κρήτης αριθμούσε 350.000 κατοίκους, εκ των οποίων μόνο 150.000 ήταν χριστιανοί.
Το 1770 μ.Χ., η Ρωσίδα αυτοκράτειρα Αικατερίνη κήρυξε τον πόλεμο κατά της οθωμανικής δικτατορίας, έστειλε ισχυρή ναυτική δύναμη, υπό τις διαταγές των αδελφών Ορλώφ και ξεσήκωσε τους Έλληνες εναντίον των Τούρκων. Ωστόσο, οι Ρώσοι δεν μπόρεσαν τελικά να προσφέρουν βοήθεια στους Έλληνες, καθώς όταν ύψωσαν τα όπλα, υπέστησαν τη συνήθη σκληρή ανάπαυλα από τους Τούρκους. Αξιομνημόνευτη ήταν η μάχη 250 Κρητικών από τα Σφακιά εναντίον 8.000 Τούρκων στρατιωτών.
Άγιος Νικόλαος: Η άλλοτε γραφική αγορά της πόλης με τις συστάδες δέντρων έχει μετατραπεί σε κοσμοπολίτικο κέντρο διακοπών. Η λίμνη “Αλμυρή” ή “Βρωμολίμνη” ή “Βουλισμένη”, όπως είναι γνωστή από τους ντόπιους, είναι πολύ ασυνήθιστη. Έχει σχήμα κώνου και είναι ένας ηφαιστειακός κρατήρας, σβησμένος από αμνημονεύτων χρόνων και τώρα γεμάτος με θαλασσινό νερό. Κατά τη διάρκεια της τουρκοκρατίας ανοίχτηκε ένα κανάλι (μήκος 61μ. – πλάτος 12μ.). Κατά τη διάρκεια των Πολέμων της Ανεξαρτησίας του 1821, ο Δημήτριος Κοτζιάς από τη νήσο Ψαρά, περικυκλώθηκε και εγκλωβίστηκε στο αγκυροβόλιο του Αγίου Νικολάου με το πλοίο του, από αιγυπτιακά σκάφη, αλλά κατάφερε να περάσει ανάμεσα τους και να γλιτώσει.
