Στην Αμοργό έχουν ζήσει διάφοροι πολιτισμοί, ορισμένοι από αυτούς ταυτόχρονα, κι έτσι με το πέρασμα του χρόνου η Αμοργός είχε πολλά ονόματα όπως Παγκάλη ,Ψυχιά ,Μελάνια και Καρκήσια. Το όνομα Αμοργός, κατά μια εκδοχή, προέρχεται από την αρχαιότητα, όταν το νησί ήταν γνωστό για την κατασκευή γυναικείων χιτώνων οι οποίοι φτιάχνονταν από ντόπιο λινοκάλαμο. Οι χιτώνες αυτοί αποκαλούνταν Άμοργος.
Τα πρώτα ίχνη κατοίκησης ξεκινούν από την 5η χιλιετία π.Χ., αλλά ο πολιτισμός ξεκινά την 4η χιλιετία π.Χ. από τους Κυκλαδίτες. Την περίοδο της ακμής του Μινωικού πολιτισμού, οι Κρήτες ίδρυσαν την πόλη Μινώα στην ευρύτερη περιοχή που σήμερα είναι τα Κατάπολα, και χρησιμοποιούσαν τον νησί ως βάση στα θαλασσινά τους δρομολόγια. Τον 10ο αιώνα π.Χ., Ίωνες από την Νάξο ιδρύουν την πόλη της Αρκεσίνης στην ΝΑ Αμοργό ενώ 300 χρόνια αργότερα, Ίωνες από την Μικρά Ασία ιδρύουν την πόλη της Αιγιάλης, περίπου στο σημείο που βρίσκεται σήμερα ο οικισμός Θολάρια.
Έτσι, στα Κλασσικά χρόνια έχουμε την συνύπαρξη των 3 πόλεων της Αμοργού, οι οποίες αναπτύσσονται σε πόλεις – κράτη και γνωρίζουν μεγάλη ακμή.
Με την κατάκτηση του νησιού από τους Μακεδόνες και την συντριβή των Αθηναίων στη ναυμαχία της Αμοργού (332 π.Χ.), αρχίζει η αντίστροφη μέτρηση για την Αμοργό. Την Ρωμαϊκή εποχή, το νησί είχε σχεδόν ερημωθεί και χρησιμοποιήθηκε σαν τόπος εξορίας.
Στα βυζαντινά χρόνια, η Αμοργός ταλαιπωρείται από πειρατικές επιδρομές. Κατά την περίοδο της εικονομαχίας (1088 μ.Χ.), κτίστηκε η πανέμορφη Μονή της Παναγίας της Χοζοβιώτισσας, ένα εντυπωσιακό κτίσμα μέσα στο βράχο. Η επωνυμία «Χοζοβιώτισσα» οφείλεται στην έλευση της θαυματουργής εικόνας της Παναγίας από τα Χόζοβα της Παλαιστίνης.
Το 1207 η Αμοργός κατακτήθηκε από τους Ενετούς και 3 περίπου αιώνες αργότερα, το 1537, γίνεται κτήση των Οθωμανών μέχρι και την Ελληνική Επανάσταση, όταν και ελευθερώνεται το 1824 και γίνεται Ελληνική. Όλα αυτά τα χρόνια, οι Αμοργιανοί έχουν στραφεί στην πειρατεία την οποία και ασκούν συστηματικά.
Μονή Παναγίας Χοζοβιωτίσσας: Χτισμένη σε βράχο 300 μέτρα πάνω από την θάλασσα, είναι ένα απόρθητο κάστρο από παντού. Χτίστηκε τον 11ο αιώνα μ.Χ. με εντολή του Αυτοκράτορα Αλέξιου Α’ Κομνηνού. Διαθέτει 8 ορόφους ενώ σε πλάτος δεν ξεπερνά τα 5μ. Μέσα στην μονή υπάρχει βιβλιοθήκη με χειρόγραφα βιβλία και εκπληκτικές εικόνες.
